1.原料药材的种植
传统种植模式是我国中药材种植的主要方式，在栽培过程中药材往往遭受到多种病虫的危害，直接影响中药材的产量和质量。由于药农对农药缺乏有关常识，滥用、误用农药问题突出，中药材中的农药残留问题和重金属含量超标，使药材质量下降，进而直接影响人体健康，阻碍中药走向国际市场。
2.药材的采收原则
中药材的采收季节、时间、方法等与药材有效成分含量有着密切的关系。中药材在不同的生长发育阶段，其有效成分的含量各不相同，若不适时适当采集加工，必然会影响原料药材质量，从而影响饮片质量。历代中医药学家在生产实践中总结出一系列合理采收原则：根及根茎类一般在秋、冬至春初采收，茎木类一般在秋、冬两季采收，皮类一般在春末夏初采收，叶类宜在生长繁盛期采收，花蕾含苞待放或者花初开时采收，果实一般在成熟或近成熟时采收，全草一般在茎叶茂盛时采收等。然而实际药材的采收时间在很大程度上却受到市场行情的操纵，价格高的药材未到采收期就被采摘上市，价格低的药材则被推迟采收，这种做法使药材成分被破坏，甚至不含有效成分，也在一定程度上损害了原料药材的品质。
3.炮制过程
《药品管理法》规定：中药饮片的炮制，必须按照国家药品标准炮制，国家药品标准没有规定的，必须按照省、自治区、直辖市药品监督管理部门制定的炮制规范炮制。炮制方法基本上是以传统的经验鉴别为主，靠眼看、鼻闻和口尝为主，炮制结果没有定性定量的测定方法，加之各省市地区对同种药材的炮制方法和判断标准不一，很难实现饮片质量的统一化，这是饮片质量控制的局限性。加工炮制过程不规范，以及生产设备的简陋，粗制滥造，造成药材含量低，有效成分被破坏，有的需除去毒性的药材毒性未除去或者增强，如苍耳子的刺含有小毒，须撞去刺才能人药，否则引起人体不良反应，但是，有些中药饮片的生产商，在炮制过程中，为了降低成本，省去了这些工序，将药材的非药用部分混在一起，进一步影响了中药饮片的用药安全性。
4.储存条件
库房的选择须结合饮片的品种、性质、数量等因素，并配备相应的保管养护设施，使用的包装材料不得污染饮片。但是药品储存不规范的现象普遍存在，许多企业药房的库房不符合标准，储存设施不完善，饮片存放混乱，养护和质量检查不到位，饮片出现交叉污染、生虫、霉变、受潮、走油、结串等问题。
5.假药、劣药盛行
中药饮片经营市场秩序混乱，以伪充真，以次充好的问题比较突出。
